У 1998 році були засновані кафедра стоматології та стоматологічний факультет, які готували лікарів-стоматологів за кваліфікаціями «Спеціаліст» та «Магістр». Ініціатором створення факультету був ректор університету, лауреат державної премії України, доктор медичних наук, заслужений діяч науки та техніки, професор Ковешніков Володимир Георгійович. Перший випуск лікарів-стоматологів на факультеті відбувся у 2003 році.
За роки існування університет підготував 971 лікаря-стоматолога, 264 з яких – громадяни інших країн. Першим деканом стоматологічного факультету був доктор медичних наук, професор Петруня Андрій Михайлович. У 2007 році, у зв’язку зі збільшенням кадрового потенціалу, ректор університету, заслужений діяч науки та техніки України, доктор медичних наук, професор Івченко Валерій Костянтинович розділив кафедру стоматології та заснував кафедри терапевтичної, хірургічної стоматології, дитячої стоматології та кафедру стоматології факультету післядипломної освіти. Крім навчання студентів, співробітники кафедри проводили цикли післядипломної освіти для лікарів-курсантів. Клінічними базами кафедри стали провідні стоматологічні заклади Луганська та області (м. Краснодон, м. Сєвєродонецьк, м. Красний Луч, м. Стаханов, м. Ровеньки).
У 2014 році суспільно-політична ситуація, що склалася на сході України та бойові дії, змусили університет залишити м. Луганськ. Для збереження матеріальної бази, викладацького складу та безперервності педагогічного процесу, згідно наказу МОЗ України від 21.11.2014 № 875, ДЗ «ЛДМУ» розпочав свою діяльність у місті Рубіжне Луганської області. Завдяки зусиллям викладачів та керівництва, заклад відновив постійну роботу. У м.Рубіжне кафедра почала функціонувати з лютого 2015 року. Університетом було придбане сучасне стоматологічне обладнання, наочні навчальні матеріали. На кафедрі проводиться наукова робота. Поновлена ліцензія на лікувальну роботу. Зараз кафедра відновила свою роботу в місті Рівне